公司持有的上市公司股票交易主要需要缴纳增值税，具体税率依据交易行为及持有时间等因素有所不同。以下是对该问题的详细解答：
一、税种
公司持有的上市公司股票交易，在税收上主要涉及的是增值税。随着营改增的全面实施，营业税已成为过去式，增值税成为主要的流转税种。对于股票交易，如果公司从股票买卖中获得了收益，这部分收益可能会被视为金融服务收入，从而需要缴纳增值税。
二、税率
一般规定：增值税的税率因交易行为和行业不同而有所差异。对于金融服务业，包括股票交易在内的金融服务收入，通常适用6%的增值税税率。但请注意，这并非绝对，具体税率可能因地区、政策调整等因素而有所变化。
特殊规定：如果公司持有的上市公司股票属于长期投资性质，且持有时间超过一定期限（如一年），在卖出时可能享受税收优惠政策，如免征或减征增值税。但这一规定并非普遍适用，具体需根据当地税收政策来确定。
注意事项：公司在缴纳增值税时，还需注意相关的税务申报和缴纳流程，确保合规操作。同时，由于税收政策可能随时调整，公司应密切关注税务部门发布的最新政策信息，以确保准确理解和执行税收政策。
综上所述，公司持有的上市公司股票交易主要需要缴纳增值税，税率通常为6%，但具体税率可能因地区、政策调整及交易行为等因素而有所变化。公司在缴纳税款时，应确保合规操作，并密切关注税收政策的变化。