『壹』 生物测序中的de novo genome assembly是什么意思
de novo assembly是新的基因组装配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在没有参考序列的情况下进行序列拼接，对未知基因组序列进行测序，利用生物信息学分析手段，对序列进行拼接、组装，从而获得其基因组的图谱。但这是个相对的概念，比如如果有了人类基因组作参考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。
此外还会有人对测序的覆盖度（coverage）和测序的深度（depth）概念混淆。
对于coverage，由于大片段拼接的gap（空白或者缺口）、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到；
对于depth，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有最大和最小值，这个都可以由信息分析得到。其实也就是为了提高准确率什么的，一般15X就差不多了。
『贰』 生物测序中的de novo genome assembly是什么意思还有coverage
de novo genome assembly指的是从头测序，是在没有参考序列的情况下对序列进行拼接。比如说，对未知的基因组进行测序，再通过生物信息学的方法进行拼接。
coverage是覆盖度，由于测序长度，拼接之间的gap，重复序列等的问题，有部分基因我们没办法得到，这就有了覆盖度。比如说，测某一物种得到的覆盖度是98%，也就意味着基因的2%我们不知道。
『叁』 美国NCBI的BLAST属于生物医学数据库
被美国fg这个这个是属于生物生物医学数据库，本市的这个挺好的
『肆』 请问生物测序中的de novo genome assembly是什么意思还有coverage
楼下回答了一些，我尽自己知道的补充一点。
denovo字面意思是全新，专业一点就是从头测序。详细点就是对未知基因组序列进行测序，利用生物信息学分析手段，对序列进行拼接、组装，从而获得其基因组的图谱。
另外，你追问的问题，其实有些人会混淆两个概念：测序的覆盖度（coverage）和测序的深度（depth）。对于coverage，由于大片段拼接的gap（空白或者缺口）、测序读长有限、重复序列等问题的存在，测序分析后组装得到的基因组序列通常无法完全覆盖所有区域，覆盖度就是最终得到的结果占整个基因组的比例。例如一个人的基因组测序，覆盖度为98.5%，那么说明该基因组还有1.5%的区域通过我们的组装和分析无法得到；对于depth，就是被测基因组上单个碱基被测序的平均次数，比如某样本的测序深度为30X，那么就是说该样本的基因组上每一个单碱基平均被测序（或者说读取）了30次，注意，是平均。当然了，depth也有最大和最小值，这个都可以由信息分析得到。其实也就是为了提高准确率什么的，一般15X就差不多了。
就这些了，希望能帮到你。还有什么，LZ可以追问，呵呵
『伍』 生物中什么是pseudopodia
这是个拉丁文的生物学词汇，pseudo是个前缀，意识就是“假的，模拟的”；podia是突起支撑的意思。合并起来就是“伪足”。
http://ke..com/view/551429.htm
『陆』 生物信息中的reads contig scaffold N50 是什么意思啊具体点
Scaffold N50与Contig N50的定义类似。Contigs拼接组装获得一些不同长度的Scaffolds。将所有的Scaffold长度相加，能获得一个Scaffold总长度。然后将所有的Scaffolds按照从长到短进行排序，如获得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。举例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold总长度*1/2时，Scaffold 5的长度即为Scaffold N50。Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。
『柒』 微生物能将生物遗体分解为什么
当然有水和CO2等无机物，但这是好氧条件下分解彻底的结果。
实际上，遗体降解并非是完全好氧，体液的微环境是大多是缺氧的，又埋葬在地下，因此，很多分解是在厌氧条件下完成的，产生很多有机酸（乳酸、半乳酸、丙酸、乙酸、甲酸、氨基酸等）、醇、醛、酮、肽、脂类化合物、CO2、H2O、H2S等。
动植物遗体的微生物降解过程异常复杂，有千余种微生物参与。包括真菌、细菌、古菌以及部分真核生物在内的微生物“殡葬工”分工协作，形成微生物分解的“流水线”和食物网，随着降解的进行，微生物群落逐渐演替，一级一级完成降解。具体参考Metcalf等在2015年发表在Science上面的论文Microbial community assembly and metabolic function ring mammalian corpse decomposition.
『捌』 分子生物学实验中有哪些常用的软件
分子克隆：
SnapGene http://www.snapgene.com/
遇见SnapGene之前大概使用过十几种分子克隆软件，直到有一天遇到了SnapGene，发现它差不多集成了之前十几种软件的优点，同时摒弃了它们所有的缺点。最关键的一点，是精致打磨的设计感。真的美，美出声。
特别是2.0版本之后出现的多序列比对功能，美妙极了。
说几个很出彩的功能：
多序列比对，刚说过了，谁用谁知道
自动检测常规特征（Common Feature）
自动引物设计。这里吐槽一下Primer Premier, 这个软件上市的时候，PCR酶还很弱小，引物质量会对结果产生比较大的影响，所以这个专门用来设计引物的软件考虑了很多的因素，难用一点也忍了。这么多年过去了，PCR酶已经非常强大，引物质量对结果的影响越来越小了，PP这种软件太过时了。相反SnapGene的引物设计恰到好处，简单直接。
支持Gibson Assembly，还可以自动设计引物。这里吐槽一下Vector NTI，有谁知道Vector NTI最新的版本11.5是哪年发布的吗？2010年，五年没更新过了。。
直接导入Genbank 序列号
太多了，不想写了。
最后再说下SnapGene的价格，单一授权 $350/年，或$750/永久。
文献阅读：
ReadCube
ReadCube是以文献阅读为中心的文献管理软件，不同于EndNote那种以引文为核心的管理软件。
自动识别PDF文档中的信息，比如题目、作者、摘要、引文。对于生命科学的文献还是非常准确的，几年前听说其他领域的论文识别准确度不高，不知道现在改进没有。
可以找到全文下载的连接，还可以通过大学图书馆的代理访问全文数据库。
ReadCube和Nature有合作，大家读Nature论文的时候都能看到。
说几个亮点：
根据你的文献数据库，推荐和你研究兴趣最相关的文献
SmartCite：在Word里双击Ctrl可以插入参考文献。但是很难用，看来EndNote那种技术还是有点难度的。
免费！！！增值服务收费，$5/m，主要是云同步功能和引文趋势信息。
有iOS和Android客户端，有云同步的话还是很爽的。
实验记录：
Microsoft Office OneNote
个人感觉OneNote绝对可以成为一种宗教...
用OneNote做实验记录是一种怎样的体验呢？顺滑。
两年前花费了一段时间在OneNote上建立实验记录的规则，感觉就是需要的功能都以最舒服的方式摆在那里供我使用。
其实也不全是，还是有极少数想要的功能没有的，摊手。等待Office 2016吧。
亮点太多了，不知道从哪说起：
可以查询每一个字是在什么时间写下的，谁写下的（多人编辑的时候）。
随时随地的计算器，做着笔记如果要算个乘法，只需要输入 “3*5=”，然后按下空格，直接显示结果。
快捷键：检查框、创建表格、输入当前时间等等
云同步和协作编辑。但是OneDrive经常抽风，给中评。
自动保存。自动保存就是你的光标停留在哪里，然后断电了，来电了，你打开电脑，光标还在那里。
全局搜索，有Ctrl+E 和Ctrl+F两种搜索，不一样，很玄妙。
太多了，OneNote真的很棒，如果你恰好还有一台Surface就更棒了，感觉像活在未来。
『玖』 LA生物学上什么意思
LA
=Latin America 拉丁美洲;
Launch Analysis 发射分析;
Law Agent (苏格兰)律师;
Legislative Assembly [美]各州的两院制议会;
Library Association 图书馆协会[英];
Lightning Arrestor 避雷器;
Line Amplifier 线路放大器;
Line Assembly 在装配线上装配;
Link Allotter 线路分配器;
Los Angeles 洛杉矶[美]
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现代英汉词典la
n.
第六音，A音的唱名
简明英汉词典LA
=Latin America 拉丁美洲
柯林斯英语大词典查词历史ETVLA
abbreviation for
Legislative Assembly
Library Association
local agent
Los Angeles
Louisiana
柯林斯词典说明
收起更多词典展开更多词典
WordNetLA
Noun
1. a state in southern United States on the Gulf of Mexico; one of the Confederate states ring the American Civil War
(synonym) Louisiana, Pelican State
(hypernym) American state
(member-holonym) Confederacy, Confederate States, Confederate States of America, South, Dixie, Dixieland
(part-holonym) Gulf States
(part-meronym) Alexandria
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『拾』 曼彻斯特大学生物化学BSc课程
第一年课程：
必修课程：
Academic Tutorials Year 1 学术辅导一年级
Biochemistry 生物化学
Molecular Biology 分子生物学
From Molecules to Cells 从分子到细胞
Introction to Laboratory Science 实验室科学导论
Introction to Experimental Biology - Molecular & Cellular Biology 实验生物学导论-分子与细胞生物学
Genes, Evolution and Development 基因，进化与发展
Writing and Referencing Skills (online unit) 写作和参考技巧（在线单元）
Chemistry for Bioscientists 1 生物科学家化学1
Chemistry for Bioscientists 2 生物科学家化学2
选修课程：
A History of Biology in 20 Objects 20个物体的生物学史
Biodiversity 生物多样性
Microbes, Man and the Environment 微生物，人与环境
Body Systems 车身系统
Drugs: From Molecules to Man 毒品：从分子到人
Excitable Cells: the Foundations of Neuroscience 兴奋细胞：神经科学的基础
Science & the Modern World 科学与现代世界
Bodies in History: An introction to the History of Medicine 历史上的身体：医学史导论
第二年课程：
必修课程：
Academic Tutorials Year 2 学术辅导二年级
Molecular and Cellular Biology EDM 分子和细胞生物学EDM
Dissertation 论文
Genome Maintenance & Regulation 基因组维护与调控
Proteins 蛋白质类
Cell Metabolism & Metabolic Control 细胞代谢与代谢控制
Cell Membrane Structure & Function 细胞膜结构与功能
Chemistry of Biomolecules 生物分子化学
选修课程：
The Dynamic Cell 动态单元格
`Omic Technologies & Resources `Omic技术与资源
Principles of Developmental Biology 发展生物学原理
Principles of Infectious Disease 传染病原理
Plants for the Future 未来的植物
Fundamentals of Evolutionary Biology 进化生物学基础
Immunology 免疫学
Parasitology 寄生虫学
Endocrinology 内分泌学
Human Anatomy & Histology 人体解剖学和组织学
Clinical Drug Development 临床药物开发
Drugs & the Brain 药物与大脑
Membrane Excitability: Ion Channels & Transporters in Action 膜兴奋性：离子通道和转运蛋白的作用
Molecules and Cells in Human Disease 人类疾病中的分子和细胞
Haematology 血液学
Organismal Genetics 生物遗传学
Introction to Virology 病毒学导论
From Cholera to COVID-19: A Global History of Epidemics 从霍乱到COVID-19：全球流行病史
British Sign Language 1英国手语1
第三年课程：
必修课程：
Academic Tutorials Year 3 学术辅导三年级
Projects 专案
Project Literature Review 项目文献回顾
Chemistry of Biological Processes (E) 生物过程化学（E）
选修课程：
Post-Genome Biology (L) 基因组后生物学（L）
Protein Assembly, Dynamics & Function (E) 蛋白质组装，动力学和功能（E）
Glycobiology: Glycan Function in Health & Disease (E) 糖生物学：糖在健康与疾病中的作用（E）
Biochemical Basis of Disease (E) 疾病的生化基础（E）
Macromolecular Recognition in Biological Systems (L) 生物系统中的大分子识别（L）
Advanced Immunology (E) 先进免疫学（E）
Gene Regulation & Disease (E) 基因调控与疾病
Evolution of Genes, Genomes & Systems (E) 基因，基因组和系统的进化（E）
Protein Sorting (L) 蛋白质分选（L）
Cell Signalling (E) 信元信令（E）
Green Biotechnology (E) 绿色生物技术（E）
Bioethics: Contemporary Issues in Science & Biomedicine (E) 生物伦理学：科学与生物医学的当代问题（E）
Advanced Endocrinology (L) 先进内分泌学（L）
Advanced Ion Transport (E) 先进的离子传输（E）
Toxins, Toxicants & Toxicity (E) 毒素，毒物和毒性（E）
Molecular Biology of Cancer (E) 癌症分子生物学（E）
Stem Cells (L) 干细胞（大）
Cell Adhesion (L) 细胞粘附力（L）
Role of Diagnostics in Medicine 诊断学在医学中的作用
Computational Approaches to Biology 生物学的计算方法