❶ 计算机，使用Autodock软件做分子对接，显示错误I'm sorry; I can't find or open ""
按道理来说只要应用的开发者开发了这个应用，一般是开发win系统的多，如果他开发了这个软件，而你的系统符合他的软件要求，那么大多数情况下是可以安装的，只有少数情况下安装不了或者是用不了，如果这样的话很可能是软件出问题了或者是软件出问题了按道理来说只要应用的开发者开发了这个应用，一般是开发win系统的多，如果他开发了这个软件，而你的系统符合他的软件要求，那么大多数情况下是可以安装的，只有少数情况下安装不了或者是用不了，如果这样的话很可能是软件出问题了或者是软件出问题了
按道理来说只要应用的开发者开发了这个应用，一般是开发win系统的多，如果他开发了这个软件，而你的系统符合他的软件要求，那么大多数情况下是可以安装的，只有少数情况下安装不了或者是用不了，如果这样的话很可能是软件出问题了或者是软件出问题了
❷ autodock中dlg文件怎么只能看到配体
这里，mol2topdbqs是为受体转化为pdbqs文件。一般来说，mol2是比较通用的文件格式。不过，由于autodock需要考虑受体的溶剂化效应，所以在autodock中用于对接的小分子需要pdbq与pdbqs格式。在autodock中有个程序为mol2topdbqs，可以直接转化mol2文件为pdbqs文件。
在不同运行平台，由于awk的版本不同，运行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。这个其实是由两个命令构成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，这个命令提示出错。不过，这个命令分解为两个命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
对于小分子配体文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
会提示定义环，选1－>c－>c就可以了。
这是针对单个配体文件来说的，如果对于数据库中的多个小分子，就需要编写循环脚本批量操作了。
nci-3d中有已经准备好的pdbq格式的小分子，可以直接用于autodock的对接。我想你可以参考他们的批量转化方法。
在autodock运行中，最占时间的是格点（grid）参数的计算。而每个小分子与受体作用的格点参数都是不同的。在JMC的两篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一个课题组发表了两篇文章，主要是以P450酶为靶点，对autodock的源代码进行修改，使不同原子类型的格点参数计算一次完成，然后，不同的小分子可以随时调用计算好的格点参数用于对接。这样就解决了虚拟筛选中每个分子重复计算格点参数的速度问题。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一个韩国课题组发表文章，利用autodock进行虚拟筛选，文章没有对格点计算方法进行详述，不过据我推想，他们应该也采用了jmc两篇文章的方法。
jmc文章作者修改后的autodock源代码可以通过发邮件联系得到。同时，他们还通过修改源代码，实现了将水分子中氧上的氢键接受作用考虑在分子对接中（在原代码中，只能考虑水分子的氢键供体作用）。
上海药物所曾经在论坛中发过一段脚本，通过循环来利用autodock进行虚拟筛选。这个极有参考意义。不过脚本中需要对数据库中的每个小分子都计算格点能，这可能会使虚拟筛选时间大大延长。
❸ 有没有安装autodock比较快的方法
autodock安装本身就比较麻烦，不想耗费太多时间在安装上，就找一些或者代算平台。如果是自学的话那可以去北鲲云超算平台试试，对于这种开源的软件来说在北鲲云超算也比较方便，不用考虑lisence的问题，直接用就可以了。机时费跟超算中心的差不多，也比较划算。
❹ 如何理解 autodock 的计算结果
一般而言是看前者的，因为前者是总能量，后者是相互作用能，如果还想再做的精细一点可以对打分程序本身做一个评级，就是以天然底物为reference，根据对接后配体RMSD值来评价打分函数
❺ autodock软件怎么下载安装
现在有可以线上使用的方法，不需要下载到本地，在北鲲云超算搜索autodock这款软件，找到后直接申请使用就可以开始作业了，用云超算来跑作业可以节省很多计算时间