公司持有的上市公司股票交易主要需要繳納增值稅，具體稅率依據交易行為及持有時間等因素有所不同。以下是對該問題的詳細解答：
一、稅種
公司持有的上市公司股票交易，在稅收上主要涉及的是增值稅。隨著營改增的全面實施，營業稅已成為過去式，增值稅成為主要的流轉稅種。對於股票交易，如果公司從股票買賣中獲得了收益，這部分收益可能會被視為金融服務收入，從而需要繳納增值稅。
二、稅率
一般規定：增值稅的稅率因交易行為和行業不同而有所差異。對於金融服務業，包括股票交易在內的金融服務收入，通常適用6%的增值稅稅率。但請注意，這並非絕對，具體稅率可能因地區、政策調整等因素而有所變化。
特殊規定：如果公司持有的上市公司股票屬於長期投資性質，且持有時間超過一定期限（如一年），在賣出時可能享受稅收優惠政策，如免徵或減征增值稅。但這一規定並非普遍適用，具體需根據當地稅收政策來確定。
注意事項：公司在繳納增值稅時，還需注意相關的稅務申報和繳納流程，確保合規操作。同時，由於稅收政策可能隨時調整，公司應密切關注稅務部門發布的最新政策信息，以確保准確理解和執行稅收政策。
綜上所述，公司持有的上市公司股票交易主要需要繳納增值稅，稅率通常為6%，但具體稅率可能因地區、政策調整及交易行為等因素而有所變化。公司在繳納稅款時，應確保合規操作，並密切關注稅收政策的變化。