『壹』 生物測序中的de novo genome assembly是什麼意思
de novo assembly是新的基因組裝配，（de novo 的意思是全新，assembly是序列拼接），即在沒有參考序列的情況下進行序列拼接，對未知基因組序列進行測序，利用生物信息學分析手段，對序列進行拼接、組裝，從而獲得其基因組的圖譜。但這是個相對的概念，比如如果有了人類基因組作參考，那拼chimpanzee的就不是de novo，而算ab initio。
此外還會有人對測序的覆蓋度（coverage）和測序的深度（depth）概念混淆。
對於coverage，由於大片段拼接的gap（空白或者缺口）、測序讀長有限、重復序列等問題的存在，測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域，覆蓋度就是最終得到的結果占整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序，覆蓋度為98.5%，那麼說明該基因組還有1.5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到；
對於depth，就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數，比如某樣本的測序深度為30X，那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序（或者說讀取）了30次，注意，是平均。當然了，depth也有最大和最小值，這個都可以由信息分析得到。其實也就是為了提高准確率什麼的，一般15X就差不多了。
『貳』 生物測序中的de novo genome assembly是什麼意思還有coverage
de novo genome assembly指的是從頭測序，是在沒有參考序列的情況下對序列進行拼接。比如說，對未知的基因組進行測序，再通過生物信息學的方法進行拼接。
coverage是覆蓋度，由於測序長度，拼接之間的gap，重復序列等的問題，有部分基因我們沒辦法得到，這就有了覆蓋度。比如說，測某一物種得到的覆蓋度是98%，也就意味著基因的2%我們不知道。
『叄』 美國NCBI的BLAST屬於生物醫學資料庫
被美國fg這個這個是屬於生物生物醫學資料庫，本市的這個挺好的
『肆』 請問生物測序中的de novo genome assembly是什麼意思還有coverage
樓下回答了一些，我盡自己知道的補充一點。
denovo字面意思是全新，專業一點就是從頭測序。詳細點就是對未知基因組序列進行測序，利用生物信息學分析手段，對序列進行拼接、組裝，從而獲得其基因組的圖譜。
另外，你追問的問題，其實有些人會混淆兩個概念：測序的覆蓋度（coverage）和測序的深度（depth）。對於coverage，由於大片段拼接的gap（空白或者缺口）、測序讀長有限、重復序列等問題的存在，測序分析後組裝得到的基因組序列通常無法完全覆蓋所有區域，覆蓋度就是最終得到的結果占整個基因組的比例。例如一個人的基因組測序，覆蓋度為98.5%，那麼說明該基因組還有1.5%的區域通過我們的組裝和分析無法得到；對於depth，就是被測基因組上單個鹼基被測序的平均次數，比如某樣本的測序深度為30X，那麼就是說該樣本的基因組上每一個單鹼基平均被測序（或者說讀取）了30次，注意，是平均。當然了，depth也有最大和最小值，這個都可以由信息分析得到。其實也就是為了提高准確率什麼的，一般15X就差不多了。
就這些了，希望能幫到你。還有什麼，LZ可以追問，呵呵
『伍』 生物中什麼是pseudopodia
這是個拉丁文的生物學詞彙，pseudo是個前綴，意識就是「假的，模擬的」；podia是突起支撐的意思。合並起來就是「偽足」。
http://ke..com/view/551429.htm
『陸』 生物信息中的reads contig scaffold N50 是什麼意思啊具體點
Scaffold N50與Contig N50的定義類似。Contigs拼接組裝獲得一些不同長度的Scaffolds。將所有的Scaffold長度相加，能獲得一個Scaffold總長度。然後將所有的Scaffolds按照從長到短進行排序，如獲得Scaffold 1，Scaffold 2，Scaffold 3...………Scaffold 25。將Scaffold按照這個順序依次相加，當相加的長度達到Scaffold總長度的一半時，最後一個加上的Scaffold長度即為Scaffold N50。舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold 3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長度*1/2時，Scaffold 5的長度即為Scaffold N50。Scaffold N50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個判斷標准。
『柒』 微生物能將生物遺體分解為什麼
當然有水和CO2等無機物，但這是好氧條件下分解徹底的結果。
實際上，遺體降解並非是完全好氧，體液的微環境是大多是缺氧的，又埋葬在地下，因此，很多分解是在厭氧條件下完成的，產生很多有機酸（乳酸、半乳酸、丙酸、乙酸、甲酸、氨基酸等）、醇、醛、酮、肽、脂類化合物、CO2、H2O、H2S等。
動植物遺體的微生物降解過程異常復雜，有千餘種微生物參與。包括真菌、細菌、古菌以及部分真核生物在內的微生物「殯葬工」分工協作，形成微生物分解的「流水線」和食物網，隨著降解的進行，微生物群落逐漸演替，一級一級完成降解。具體參考Metcalf等在2015年發表在Science上面的論文Microbial community assembly and metabolic function ring mammalian corpse decomposition.
『捌』 分子生物學實驗中有哪些常用的軟體
分子克隆：
SnapGene http://www.snapgene.com/
遇見SnapGene之前大概使用過十幾種分子克隆軟體，直到有一天遇到了SnapGene，發現它差不多集成了之前十幾種軟體的優點，同時摒棄了它們所有的缺點。最關鍵的一點，是精緻打磨的設計感。真的美，美出聲。
特別是2.0版本之後出現的多序列比對功能，美妙極了。
說幾個很出彩的功能：
多序列比對，剛說過了，誰用誰知道
自動檢測常規特徵（Common Feature）
自動引物設計。這里吐槽一下Primer Premier, 這個軟體上市的時候，PCR酶還很弱小，引物質量會對結果產生比較大的影響，所以這個專門用來設計引物的軟體考慮了很多的因素，難用一點也忍了。這么多年過去了，PCR酶已經非常強大，引物質量對結果的影響越來越小了，PP這種軟體太過時了。相反SnapGene的引物設計恰到好處，簡單直接。
支持Gibson Assembly，還可以自動設計引物。這里吐槽一下Vector NTI，有誰知道Vector NTI最新的版本11.5是哪年發布的嗎？2010年，五年沒更新過了。。
直接導入Genbank 序列號
太多了，不想寫了。
最後再說下SnapGene的價格，單一授權 $350/年，或$750/永久。
文獻閱讀：
ReadCube
ReadCube是以文獻閱讀為中心的文獻管理軟體，不同於EndNote那種以引文為核心的管理軟體。
自動識別PDF文檔中的信息，比如題目、作者、摘要、引文。對於生命科學的文獻還是非常准確的，幾年前聽說其他領域的論文識別准確度不高，不知道現在改進沒有。
可以找到全文下載的連接，還可以通過大學圖書館的代理訪問全文資料庫。
ReadCube和Nature有合作，大家讀Nature論文的時候都能看到。
說幾個亮點：
根據你的文獻資料庫，推薦和你研究興趣最相關的文獻
SmartCite：在Word里雙擊Ctrl可以插入參考文獻。但是很難用，看來EndNote那種技術還是有點難度的。
免費！！！增值服務收費，$5/m，主要是雲同步功能和引文趨勢信息。
有iOS和Android客戶端，有雲同步的話還是很爽的。
實驗記錄：
Microsoft Office OneNote
個人感覺OneNote絕對可以成為一種宗教...
用OneNote做實驗記錄是一種怎樣的體驗呢？順滑。
兩年前花費了一段時間在OneNote上建立實驗記錄的規則，感覺就是需要的功能都以最舒服的方式擺在那裡供我使用。
其實也不全是，還是有極少數想要的功能沒有的，攤手。等待Office 2016吧。
亮點太多了，不知道從哪說起：
可以查詢每一個字是在什麼時間寫下的，誰寫下的（多人編輯的時候）。
隨時隨地的計算器，做著筆記如果要算個乘法，只需要輸入 「3*5=」，然後按下空格，直接顯示結果。
快捷鍵：檢查框、創建表格、輸入當前時間等等
雲同步和協作編輯。但是OneDrive經常抽風，給中評。
自動保存。自動保存就是你的游標停留在哪裡，然後斷電了，來電了，你打開電腦，游標還在那裡。
全局搜索，有Ctrl+E 和Ctrl+F兩種搜索，不一樣，很玄妙。
太多了，OneNote真的很棒，如果你恰好還有一台Surface就更棒了，感覺像活在未來。
『玖』 LA生物學上什麼意思
LA
=Latin America 拉丁美洲;
Launch Analysis 發射分析;
Law Agent (蘇格蘭)律師;
Legislative Assembly [美]各州的兩院制議會;
Library Association 圖書館協會[英];
Lightning Arrestor 避雷器;
Line Amplifier 線路放大器;
Line Assembly 在裝配線上裝配;
Link Allotter 線路分配器;
Los Angeles 洛杉磯[美]
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現代英漢詞典la
n.
第六音，A音的唱名
簡明英漢詞典LA
=Latin America 拉丁美洲
柯林斯英語大詞典查詞歷史ETVLA
abbreviation for
Legislative Assembly
Library Association
local agent
Los Angeles
Louisiana
柯林斯詞典說明
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WordNetLA
Noun
1. a state in southern United States on the Gulf of Mexico; one of the Confederate states ring the American Civil War
(synonym) Louisiana, Pelican State
(hypernym) American state
(member-holonym) Confederacy, Confederate States, Confederate States of America, South, Dixie, Dixieland
(part-holonym) Gulf States
(part-meronym) Alexandria
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『拾』 曼徹斯特大學生物化學BSc課程
第一年課程：
必修課程：
Academic Tutorials Year 1 學術輔導一年級
Biochemistry 生物化學
Molecular Biology 分子生物學
From Molecules to Cells 從分子到細胞
Introction to Laboratory Science 實驗室科學導論
Introction to Experimental Biology - Molecular & Cellular Biology 實驗生物學導論-分子與細胞生物學
Genes, Evolution and Development 基因，進化與發展
Writing and Referencing Skills (online unit) 寫作和參考技巧（在線單元）
Chemistry for Bioscientists 1 生物科學家化學1
Chemistry for Bioscientists 2 生物科學家化學2
選修課程：
A History of Biology in 20 Objects 20個物體的生物學史
Biodiversity 生物多樣性
Microbes, Man and the Environment 微生物，人與環境
Body Systems 車身系統
Drugs: From Molecules to Man 毒品：從分子到人
Excitable Cells: the Foundations of Neuroscience 興奮細胞：神經科學的基礎
Science & the Modern World 科學與現代世界
Bodies in History: An introction to the History of Medicine 歷史上的身體：醫學史導論
第二年課程：
必修課程：
Academic Tutorials Year 2 學術輔導二年級
Molecular and Cellular Biology EDM 分子和細胞生物學EDM
Dissertation 論文
Genome Maintenance & Regulation 基因組維護與調控
Proteins 蛋白質類
Cell Metabolism & Metabolic Control 細胞代謝與代謝控制
Cell Membrane Structure & Function 細胞膜結構與功能
Chemistry of Biomolecules 生物分子化學
選修課程：
The Dynamic Cell 動態單元格
`Omic Technologies & Resources `Omic技術與資源
Principles of Developmental Biology 發展生物學原理
Principles of Infectious Disease 傳染病原理
Plants for the Future 未來的植物
Fundamentals of Evolutionary Biology 進化生物學基礎
Immunology 免疫學
Parasitology 寄生蟲學
Endocrinology 內分泌學
Human Anatomy & Histology 人體解剖學和組織學
Clinical Drug Development 臨床葯物開發
Drugs & the Brain 葯物與大腦
Membrane Excitability: Ion Channels & Transporters in Action 膜興奮性：離子通道和轉運蛋白的作用
Molecules and Cells in Human Disease 人類疾病中的分子和細胞
Haematology 血液學
Organismal Genetics 生物遺傳學
Introction to Virology 病毒學導論
From Cholera to COVID-19: A Global History of Epidemics 從霍亂到COVID-19：全球流行病史
British Sign Language 1英國手語1
第三年課程：
必修課程：
Academic Tutorials Year 3 學術輔導三年級
Projects 專案
Project Literature Review 項目文獻回顧
Chemistry of Biological Processes (E) 生物過程化學（E）
選修課程：
Post-Genome Biology (L) 基因組後生物學（L）
Protein Assembly, Dynamics & Function (E) 蛋白質組裝，動力學和功能（E）
Glycobiology: Glycan Function in Health & Disease (E) 糖生物學：糖在健康與疾病中的作用（E）
Biochemical Basis of Disease (E) 疾病的生化基礎（E）
Macromolecular Recognition in Biological Systems (L) 生物系統中的大分子識別（L）
Advanced Immunology (E) 先進免疫學（E）
Gene Regulation & Disease (E) 基因調控與疾病
Evolution of Genes, Genomes & Systems (E) 基因，基因組和系統的進化（E）
Protein Sorting (L) 蛋白質分選（L）
Cell Signalling (E) 信元信令（E）
Green Biotechnology (E) 綠色生物技術（E）
Bioethics: Contemporary Issues in Science & Biomedicine (E) 生物倫理學：科學與生物醫學的當代問題（E）
Advanced Endocrinology (L) 先進內分泌學（L）
Advanced Ion Transport (E) 先進的離子傳輸（E）
Toxins, Toxicants & Toxicity (E) 毒素，毒物和毒性（E）
Molecular Biology of Cancer (E) 癌症分子生物學（E）
Stem Cells (L) 幹細胞（大）
Cell Adhesion (L) 細胞粘附力（L）
Role of Diagnostics in Medicine 診斷學在醫學中的作用
Computational Approaches to Biology 生物學的計算方法