❶ 計算機，使用Autodock軟體做分子對接，顯示錯誤I'm sorry; I can't find or open ""
按道理來說只要應用的開發者開發了這個應用，一般是開發win系統的多，如果他開發了這個軟體，而你的系統符合他的軟體要求，那麼大多數情況下是可以安裝的，只有少數情況下安裝不了或者是用不了，如果這樣的話很可能是軟體出問題了或者是軟體出問題了按道理來說只要應用的開發者開發了這個應用，一般是開發win系統的多，如果他開發了這個軟體，而你的系統符合他的軟體要求，那麼大多數情況下是可以安裝的，只有少數情況下安裝不了或者是用不了，如果這樣的話很可能是軟體出問題了或者是軟體出問題了
按道理來說只要應用的開發者開發了這個應用，一般是開發win系統的多，如果他開發了這個軟體，而你的系統符合他的軟體要求，那麼大多數情況下是可以安裝的，只有少數情況下安裝不了或者是用不了，如果這樣的話很可能是軟體出問題了或者是軟體出問題了
❷ autodock中dlg文件怎麼只能看到配體
這里，mol2topdbqs是為受體轉化為pdbqs文件。一般來說，mol2是比較通用的文件格式。不過，由於autodock需要考慮受體的溶劑化效應，所以在autodock中用於對接的小分子需要pdbq與pdbqs格式。在autodock中有個程序為mol2topdbqs，可以直接轉化mol2文件為pdbqs文件。
在不同運行平台，由於awk的版本不同，運行略有不同。
比如，在sgi irix中，直接使用mol2topdbqs命令就可以。這個其實是由兩個命令構成的：
％mol2topdbq macro.mol2 > macro.pdbq
%addsol macro.pdbq macro.pdbqs
但是在linux中，這個命令提示出錯。不過，這個命令分解為兩個命令就可以：
$mol2fftopdbq macro.mol2 > macro.pdbq
$addsol macro.pdbq macro.pdbqs
對於小分子配體文件，要用deftors命令。
用法
$deftors lig.mol2
會提示定義環，選1－>c－>c就可以了。
這是針對單個配體文件來說的，如果對於資料庫中的多個小分子，就需要編寫循環腳本批量操作了。
nci-3d中有已經准備好的pdbq格式的小分子，可以直接用於autodock的對接。我想你可以參考他們的批量轉化方法。
在autodock運行中，最占時間的是格點（grid）參數的計算。而每個小分子與受體作用的格點參數都是不同的。在JMC的兩篇文章中(J Med Chem. 2005, 48: 2308-2318；J Med Chem. 2006, 49: 2417-2430)，同一個課題組發表了兩篇文章，主要是以P450酶為靶點，對autodock的源代碼進行修改，使不同原子類型的格點參數計算一次完成，然後，不同的小分子可以隨時調用計算好的格點參數用於對接。這樣就解決了虛擬篩選中每個分子重復計算格點參數的速度問題。
在最近的一篇文章中（proteins,200665:549-554)，一個韓國課題組發表文章，利用autodock進行虛擬篩選，文章沒有對格點計算方法進行詳述，不過據我推想，他們應該也採用了jmc兩篇文章的方法。
jmc文章作者修改後的autodock源代碼可以通過發郵件聯系得到。同時，他們還通過修改源代碼，實現了將水分子中氧上的氫鍵接受作用考慮在分子對接中（在原代碼中，只能考慮水分子的氫鍵供體作用）。
上海葯物所曾經在論壇中發過一段腳本，通過循環來利用autodock進行虛擬篩選。這個極有參考意義。不過腳本中需要對資料庫中的每個小分子都計算格點能，這可能會使虛擬篩選時間大大延長。
❸ 有沒有安裝autodock比較快的方法
autodock安裝本身就比較麻煩，不想耗費太多時間在安裝上，就找一些或者代算平台。如果是自學的話那可以去北鯤雲超算平台試試，對於這種開源的軟體來說在北鯤雲超算也比較方便，不用考慮lisence的問題，直接用就可以了。機時費跟超算中心的差不多，也比較劃算。
❹ 如何理解 autodock 的計算結果
一般而言是看前者的，因為前者是總能量，後者是相互作用能，如果還想再做的精細一點可以對打分程序本身做一個評級，就是以天然底物為reference，根據對接後配體RMSD值來評價打分函數
❺ autodock軟體怎麼下載安裝
現在有可以線上使用的方法，不需要下載到本地，在北鯤雲超算搜索autodock這款軟體，找到後直接申請使用就可以開始作業了，用雲超算來跑作業可以節省很多計算時間